Historicamente, a formação do departamento de Biologia Celular da Universidade de Brasília contou com a participação de pesquisadores especialistas da área de Biofísica Molecular, entretanto com forte viés teórico e computacional. Esse grupo, inicialmente liderado pelo Professor Mateus Ventura, se desenvolveu sobre um enfoque estrutural e quântico que atualmente se encontra distribuindo em grupos do Instituto de Biologia (IB) e de Química (IQ). Tais grupos rotineiramente utilizam a Biologia Computacional para entender a vida no nível molecular, e hoje atuam em colaboração com grupos de ponta no Brasil e no exterior. Com a atuação do Prof. Werner Treptow, o grupo de Biologia Teórica vem sendo reestruturado e vem atuando em colaborações nos Institutos de Química e de Física além dos grupos de Biofísica teórica e estrutural do IB.
Em paralelo, uma equipe de biólogos do Laboratório de Biologia Molecular participou do projeto genoma nacional do CNPq. tendo recebido à época treinamento em sequenciamento. além de um sequenciador Megabace, que utilizava a técnica Sanger. Em 2001, formou-se a Rede Genoma Centro-Oeste, inserido nos programas de Genomas Regionais do CNPq e CAPES, que contava com diversas instituições de pesquisa dessa região. Em particular, na UnB, foi formada urna equipe que criou o Laboratório de Bioinformática para dar suporte computacional ao Projeto Genoma Centro Oeste, que contou com a colaboração de pesquisadores do Departamento de Biologia Celular e do Departamento de Ciências da Computação, e foi coordenado pelos Professores Marcelo Brigido do IB e da Profa. Maria Emilia Walter do Instituto de Exatas (lE). Dessa parceria consolidou-se uma profícua interação entre os grupos de Biologia e Ciências da Computação que continua até hoje. O Laboratório de Bioinformática da UnB foi peça chave na formação da Rede Genoma Centro-Oeste, que aglutinou grupos de Biologia Molecular da UnB e da UFG, além do grupo de Biologia Computacional da UFMS sob liderança do Prof. Nalvo de Almeida Júnior. Essa Rede que atuou inicialmente no estudo do transcriptoma do fungo Paracoccidioides brasiliensis. expandiu-se com a participação de pesquisadores do CENARGEN e da Universidade Católica de Brasília (UCB). culminando na formação da Rede de Bioinformática do Centro-Oeste (BIOFOCO), que teve três edições. No BIOFOCO III, com os recursos obtidos do CNPq e FINEP, foi possível atualizar os Laboratórios de Bioinformática da UnB, UFMS, CENARGEN e UFG. Recentemente esses grupos têm desenvolvido pesquisas em métodos computacionais de alto desempenho para os sequenciadores de nova geração. Recentemente, mais pesquisadores do Departamento de Ciência da Computação passaram a integrar as equipes de projetos de bioinformática na UnB, a saber, as Professoras Alba Cristina M. A. de Melo e Aleteia R F. Araujo (doutoras em computação de alto desempenho) e Maristela T. Holanda (doutora em banco de dados).
Nos últimos anos as Ciências Biológicas tem se deparado com um verdadeira mudança de paradigma que envolve a geração massiva de dados (big data) em computadores de alto desempenho, que possibilitou o estabelecimento de uma nova abordagem, agora no nível dos sistemas (Biologia de Sistemas). O foco atual, menos reducionista, se pauta em funções matemáticas que descrevem estados bem definidos. Essa tendência é o caminho natural e ponto de convergência para que grupos de Bioinformática e Biologia Teórica possam conjuntamente dar um significativo salto de qualidade em suas linhas de pesquisa, e alcançar um novo patamar de investigação nos próximos anos.
As linhas de pesquisa em Bioinformática já fazem parte dos programas de Pós-graduação da UnB, UFG e UFMS, enquanto a área de Biologia Computacional está nucleada na UnB.